El aparato genital presenta las gónadas (testículos
u ovarios) localizados cranealmente a los riñones.
Los machos presentan un pene extensible de gran
desarrollo, coloración oscura, que no presenta función de micción. Para la
eyaculación, el pene presenta un surco seminal por donde sale el semen. Cuando
no está erecto, yace ventromedialmente en el proctodeum, sobre el suelo de la
cavidad celómica.
Las hembras poseen ovarios lobulados donde se da la
formación de los folículos y desembocan en unos largos oviductos donde tiene
lugar la formación de las envolturas del huevo y van a la cloaca.
Dependiendo de
la fase del ciclo reproductivo, el ovario de una hembra adulta contiene
folículos ováricos en distintos estadios de desarrollo y/o cuerpos lúteos.
También se observan estructuras constituidas por tejido conectivo fibroso con
macrófagos cargados con pigmento similar a la lipofuscina, correspondientes a
los cuerpos albicans.
El oviducto se divide en cuatro regiones principales:
infundíbulo, mágnum, útero y vagina; está tapizado por un epitelio cilíndrico
ciliado con células caliciformes ocasionales.
Existe una especie de
criptas tapizadas por epitelio cúbico de citoplasma eosinófilo, que almacenan
los nutrientes para los espermatozoides que no alcanzan un óvulo. En algunas
especies de quelonios, los gametos masculinos pueden sobrevivir hasta seis años
y fecundar un óvulo pasada esta fecha.
También existen acinos glandulares formados por células epiteliales cúbicas con
citoplasma granular eosinófilo, por debajo de la mucosa. Allí tiene lugar la
calcificación del huevo.
La formación del huevo (más calcificado en los
quelonios) comporta cierta descalcificación
del esqueleto materno, sobre todo del caparazón. Los huevos de los reptiles no
poseen chalazas por lo que no deben moverse mientras se están incubando dado
que el embrión sufriría graves cambios posicionales y traumatismos que le
podrían provocar la muerte. La temperatura de incubación de los huevos es un
factor de vital importancia en la determinación del sexo en muchas especies de
reptiles pero no en todos
